COVID-19

Por: Jairo Andrés Rendón Ph.D.

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Diariamente el instituto nacional de salud (INS) publica información sobre el número de contagiados confirmados, fallecidos y recuperados.  Desde la segunda semana de abril la secretaría de salud de Bogotá también comenzó a publicar datos de contagios en la capital a nivel de localidad.  En ese espacio pretendo compartir algunas estadísticas a partir de la información publicada por estas dos entidades.

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Coronavirus en Colombia

El 6 de marzo de 2020 se registró el primer caso de COVID-19 en Colombia. En la lucha contra la pandemia el 20 de marzo Bogotá inició un simulacro de aislamiento obligatorio que empató con el inicio de un aislamiento a nivel nacional el 24 de marzo luego de un puente festivo.   Luego de dos extensiones del aislamiento nacional se determinó que el lunes 27 de abril se abrirían los sectores de la construcción y manufacturas. Desde el primero de junio se amplió la lista de sectores que pueden salir a trabajar. Ante el incremento de casos y fallecimientos Bogotá regresó a cuarentena estricta por localidades iniciando el 13 de Julio.  El 24 de Agosto se anunció que terminaría la cuarentena obligatoria y a partir del primero de septiembre se entraría en un periodo de aislamiento selectivo que relaja las restricciones a la movilidad.

Nuevos casos

El 26 de marzo registra una disminución en el número de contagiados confirmados debido a un daño en la máquina que procesa las pruebas para realizar el diagnóstico.  La fecha corresponde a la fecha de registro en la web por parte del INS.

¿Casos por fecha de diagnóstico, fecha de inicio de síntomas o registro web? Solo podemos observar los casos cuando los registran en la web así que, sin importar cómo los ubiquemos en una gráfica, el flujo diario de nuevos casos para nuestro set de datos es el mismo.  Si el propósito es identificar cuando se presenta una des-aceleración en el número de nuevos casos, seguir el número de casos a medida que los registran en la web es suficientemente informativo.

Muertes diarias

La fecha corresponde a la fecha de registro en el reporte web del INS puede diferir de la fecha de fallecimiento. Al igual que con el seguimiento de nuevos casos, si el propósito es identificar de manera temprana cuando existe una des-aceleración, el seguimiento por fecha de reporte es suficientemente informativo.

Vacunación

El 17 de febrero se inició la vacunación en Colombia con un cronograma por etapas distribuidas en dos fases.  En la primera fase hay tres etapas: en la primera etapa se vacuna al personal de la salud en la primera línea y a los mayores de 80 años, en la segunda etapa el resto del personal de salud y los adultos entre 60 y 80 años, finalmente en la tercera etapa de la fase 1 a las personas mayores de 16 años con comorbilidades o que laboran en ciertas áreas (Docentes, madres comunitarias, etc.).  En la segunda fase se vacunará el resto de la población adulta en dos etapas.

La gráfica muestra la evolución del número de casos semanales registrados por grupo de edades acorde al plan de vacunación: mayores de 80 (etapa 1), entre 60 y 80 (etapa 2), entre 16 y 60 (etapa 3 y fase 2) y los niños.  Para cada grupo de edad se construye un índice dónde 100 corresponde al número de casos semanales en la primera semana de agosto de 2020 (primer pico). 

Esta otra gráfica muestra la evolución del número de muertes semanales registradas por grupo de edad acorde al plan de vacunación.  Para cada grupo de edad se construye un índice dónde 100 corresponde al número de muertes semanales en la primera semana de agosto de 2020 (primer pico). 

Casos por FIS

Existe un rezago entre la fecha de inicio de síntomas (FIS) y el registro en la web del caso confirmado, esto se debe a demoras en las personas en acudir al médico, demoras en la atención, demoras en la toma de pruebas, demoras el procesamiento y demoras en el registro de resultados. Al observar casos por fecha registro web estamos viendo un reflejo de los contagios del pasado.  Hacia finales de Julio de 2020 el rezago promedio era de cerca de 13 días, sin embargo, el rezago no es constante lo que dificulta la lectura de información por FIS. Por ejemplo, en febrero de 2021 el rezago se duplicó.  La gráfica presenta el número de casos diarios por FIS en azul. 

En rojo se presenta el número de casos para personas clasificadas como asintomáticas por fecha de diagnóstico que realmente agrupa en una misma categoría a los asintomáticos (nunca presentaron síntomas) y los presintomáticos (presentaron síntomas después del diagnóstico).  La gráfica de abajo muestra que la proporción de asintomáticos entre los diagnósticos fluctúa en el tiempo y durante el tercer pico ha llegado a representar el 20% de los diagnósticos.

Regiones más afectadas:

Primera Ola

Bogotá, Antioquia y Valle del Cauca fueron las primeras regiones en sobrepasar los 100 casos confirmados. Cartagena alcanzó los 100 casos el 10 de abril y junto con Atlántico fueron el foco de la pandemia en Colombia durante la primera ola.  Meta, con la situación en la cárcel de Villavicencio, registró varios casos confirmados al inicio de la pandemia pero la situación se contuvo en la cárcel y se redujo la propagación del virus.

A finales de abril los registros en Amazonas comenzaron a incrementarse fuertemente debido a varios casos importados por la frontera con Brasil.  En el sur Nariño presentó un repunte en casos desde finales de mayo.

En Julio la propagación del virus se disparó, Bogotá es la que más se vio afectada con nuevos contagios y Antioquia, que se había pensado que había logrado aplanar la curva, repuntó fuertemente.  En la costa Caribe Atlántico y Bolivar aplanaron en Agosto mientras Córdoba y Sucre aceleraron.  En Agosto los casos también se dispararon en Santander.

Luego del pico nacional en agosto se comenzó a ver una desaceleración que se vio contrarrestada por el incremento de casos en algunos regiones que no vieron su primer pico al tiempo que los grandes departamentos.  Los casos cayeron pero no se vio el descenso que se vio en otros países.

Segunda ola

La segunda ola se presentó a finales de diciembre y principios de enero.  En esta ocasión el incremento de casos se presentó en casi todos los departamentos a nivel nacional aunque el golpe en Bogotá fue mucho más fuerte.  En la semana con más casos registrados en esta ola se presentaron en promedio 17.613 casos diarios en promedio.  Casi 6.000 casos más que durante el pico de la primera ola.

Tercera ola

Luego del pico de finales de enero los casos cayeron fuertemente, a mediados de marzo ya habíamos comenzado la vacunación y se registraban un quinto de los casos del segundo pico.  Pero la situación comenzó a cambiar en la costa Caribe, inicialmente fue Magdalena la que empezó a registrar máximos mientras el resto del país caía, luego la misma situación se comenzó a presentar en Atlántico con incrementos acelerados que pronto sobrepasaron y doblaron el número máximo de casos en la región.  Luego siguió Antioquia y el viejo Caldas y eventualmente la tercera ola llegó al centro del país.  A finales de abril los casos en Atlántico y Antioquia comenzaban a ceder pero Bogotá y Cundinamarca continuaban la escalada.     

Promedio de casos diarios en los últimos 7 días para las regiones más pobladas.

Promedio de casos diarios en los últimos 7 días para regiones seleccionadas.

Pruebas diarias

Inicialmente el INS no publicaba el total de pruebas por lo que hasta el 26 de abril pruebas se calculó como casos confirmados más casos descartados, después de un tiempo se comenzó a publicar el total de pruebas y este coincidía con la suma de confirmados y descartados, sin embargo, a partir del 27 de abril el número total de pruebas reportada por el INS es superior a la suma de confirmados y descartados por lo que a partir de esa fecha se toma el dato reportado por el INS como total de pruebas. La fecha corresponde a la fecha de registro en el reporte web y puede diferir de la fecha en que se tomó la muestra o se realizó el diagnóstico. La linea discontinua representa el porcentaje de positivos en el día, línea sólida el porcentaje de positivos en el acumulado. Descargar serie pruebas diarias.

Nota: Acorde al INS en el reporte del 11 de Julio se sumaron 12,063 pruebas históricas de Bogotá, pruebas que se entienden represadas para registro pues capacidad diaria para la fecha era de 28,204.  Las pruebas del día, sin incluir las históricas, fueron 25,565.

Porcentaje de casos con cadena de transmisión identificada

Porcentaje de los casos diagnosticados para los cuales el origen de la transmisión está identificado. Los casos con origen identificado corresponden a casos importados más relacionados.  Casos actualmente en estudio pueden cambiar su estado si se identifica su origen. La fecha corresponde a cuando se registró el diagnostico del contagio en la base del INS.

Coronavirus en Bogotá

Bogotá es la ciudad con mayor número de contagiados pero a la vez es la ciudad más grande de Colombia con 8.16 millones de habitantes. El primer caso de Covid-19 en Colombia se registró en Bogotá y desde entonces es el centro de la pandemia en Colombia.

Bogotá relativo al total nacional.

Evolución del acumulado de contagiados confirmados en Bogotá comparado con la misma medida para el total nacional en escala logarítmica.

Nuevos casos en Bogotá

Número de nuevos casos confirmados diarios en Bogotá (barras) por fecha de registro web. La línea representa el promedio móvil del los últimos 7 días.

Muertes diarias Bogotá

Muertes diarias en Bogotá. La fecha corresponde a la fecha de registro en el reporte del INS puede diferir de la fecha de fallecimiento.

Bogota por localidad

El primer caso registrado en Colombia tiene como residencia Usaquen y el segundo registrado en Bogotá tiene residencia en Chapinero.  Hasta que entró en vigencia el simulacro de aislamiento en estas dos localidades residían la mayoría de contagiados confirmados en la capital.  Luego del inicio del aislamiento en Usaquen la tendencia continuó al alza mientras que en Chapinero la curva comenzó a aplanarse. En Suba, Kennedy y Engativa el crecimiento de casos confirmados se aceleró. A principios de junio Bosa se convirtió en la segunda localidad con más casos confirmados superando a Suba pero en Agosto Suba volvió a sobrepasar a Bosa.  Desafortunadamente desde Julio la base de datos de saludata comenzó a registrar un gran número de casos sin identificar la localidad de residencia lo cuál dificulta el análisis de las tendencias de las curvas.

Evolución diaria del acumulado de contagiados confirmados por localidad.

Porcentaje de casos con cadena de transmisión identificada Bogotá

Porcentaje de los casos diagnosticados para los cuales el origen de la transmisión está identificado. Los casos con origen identificado corresponden a casos importados más relacionados.  Casos actualmente en estudio pueden cambiar su estado si se identifica su origen. La fecha corresponde a cuando se registró el diagnostico del contagio.

Coronavirus en el Valle:

Hasta inicios de Mayo el Valle del Cauca era la segunda región más afectada por el coronavirus a nivel nacional.

Total Casos Valle del Cauca.

Evolución del acumulado de contagiados identificados en el Valle del Cauca en escala logarítmica.

Coronavirus en Cartagena:

En Cartagena ocurrió la primera muerte por coronavirus en Colombia.  Al ser una ciudad turística que recibe cruceros y gran cantidad de extranjeros Cartagena era considerada un foco potencial de contagio, de hecho, al igual que Bogotá es una ciudad dónde al inicio de la pandemia los contagios crecían a un mayor ritmo que el total nacional. En Cartagena se encuentran la mayor cantidad de casos confirmados del departamento de Bolivar.  A finales de mayo Bolivar era el 4to departamento con más casos confirmados luego de Atlántico (2do) y Valle del Cauca (3ro)

Total Casos Cartagena.

Evolución del acumulado de contagiados confirmados en Cartagena en escala logarítmica.

Coronavirus en Risaralda:

Cuando la curva nacional comenzó a bajar en Agosto algunas regiones no cedieron igual.  Risaralda es un caso en el que la curva no retrocede a buen ritmo.  Risaralda alcanzó su pico en una fecha similar al total nacional pero la desaceleración fue leve y observo un pronto repunte.

Total diarios Risaralda.

Número de nuevos casos confirmados diarios en Bogotá (barras) por fecha de registro web. La línea roja representa el promedio móvil del los últimos 7 días.  Descarga los datos actualizados del Covid para Risaralda